Cuando llegaron los españoles al Tahuantinsuyo, el Imperio Inca estaba sumergido en una guerra civil provocada por la pugna de poder entre Atahualpa y su hermano Huáscar. El primero defendía su hegemonía desde Quito, el segundo desde Cuzco. Atahualpa y su ejército vencieron a Huáscar en las cercanías del río Apurimac.
Su Majestad, el emperador Carlos V del Sacro Imperio Romano Germánico y I de España, mediante Real Cédula, del 14 de marzo de 1541, expedida en Talavera, otorgó el escudo de armas y el título de ciudad a la Muy Noble y Muy Leal ciudad de San Francisco de Quito.
Desde que se fundó la Villa de San Francisco de Quito, hubo el interés profesional y científico de registrar sus límites, demografía y proyectar su desarrollo urbanístico. Hacia 1565 registramos el primer esbozo de la ciudad, mismo que está en la Biblioteca de la Real Academia de la Historia de España; se lo ha representado en el piso de la Plaza de Benalcázar o Plaza de la Fundación, Centro Histórico de la ciudad.
El himno a la ciudad es la composición musical titulada «Himno a Quito», presentada a la Alcaldía de Quito en julio de 1944, cuya partitura fue elaborada por Fray Agustín de Azkúnaga y su letra por Fray Bernardino Echeverría.
San Francisco Quito fue declarada Patrimonio Cultural de la Humanidad por la UNESCO el 8 de septiembre de 1978. Este reconocimiento se otorgó debido a la riqueza histórica y cultural del Centro Histórico de la ciudad, que es considerado el más extenso, mejor conservado y menos alterado de América Hispana
